Ubytek materii organicznej z gleby to w pewnym zakresie proces naturalny. Część z niej jest tracona na skutek erozyjnego działania zjawisk naturalnych – wiatru i deszczu, na które szczególnie podatne są tereny odsłonięte, niepokryte roślinnością. Spore ilości substancji organicznej wynosimy także z plonem, najwięcej przy zbiorach roślin okopowych. Bardzo negatywnie na zawartość próchnicy w glebie wpływa również niewłaściwa agrotechnika i błędy rolników, takie jak orka wzdłuż stoku, nadmierna eksploatacja terenu, zaniechanie uprawy poplonów i roślin korzystnie wpływających na zawartość materii organicznej w glebie (np. traw, roślin motylkowatych), jak również niepozostawianie na polu resztek pożniwnych, na przykład słomy.
Niedostatek materii organicznej w glebie to spadek jej żyzności, a więc osłabienie zdolności produkcyjnych. Negatywnego efektu w plonie nie zniesie nawet najwłaściwsze nawożenie mineralne ani prawidłowo rozplanowana chemiczna ochrona roślin. Ubytek warstwy próchnicy o grubości 1 cm skutkuje zmniejszeniem plonu nawet o 4%! Nietrudno wyliczyć zatem, jak kolosalne straty może przynieść jej niedobór w uprawie na dużą skalę.
Braki materii organicznej można uzupełniać, stosując regularnie nawozy naturalne. Najefektywniejszym spośród nich jest obornik. Zawiera on szeroką gamę mikro- i makroelementów, niezbędnych roślinom do prawidłowego rozwoju. Znajdziemy w nim azot, fosfor, potas (zawartość tych pierwiastków różni się nieco w zależności od pochodzenia obornika – z produkcji bydła czy trzody chlewnej). W oborniku występują ponadto znaczne ilości wapnia, magnezu, siarki i boru. Pierwiastki te, by były dostępne dla roślin, muszą najpierw ulec mineralizacji.
Nawożenie obornikiem zwiększa pojemność kompleksu sorpcyjnego, zapobiegając ucieczce jonów – K+, Na+, Ca2+, Mg2+. Poprawia warunki cieplne (dzięki ciemnemu zabarwieniu i silnemu pochłanianiu promieniowania słonecznego), reguluje stosunki wodno-powietrzne gleby, korzystnie wpływa na jej strukturę. Stymuluje aktywność mikroorganizmów i fauny glebowej. Stabilizuje odczyn gleby, zwiększając jej zdolności buforowe. Co więcej, wiąże i dezaktywuje toksyczne pozostałości środków ochrony roślin, a także zmniejsza mobilność metali ciężkich w glebie.
Pamiętajmy jednak, że obornik rozkłada się w glebie powoli i nie należy go stosować częściej niż raz na 3 lata! Mogłoby to poskutkować przenawożeniem i wywołać zbyt wybujały wzrost roślin, ich podatność na choroby grzybowe oraz szkodniki, a także pogorszenie jakości plonu.