Spośród wszystkich patogenów porażających rośliny, to właśnie grzyby wywołują najwięcej chorób, dlatego ochronie plantacji przed nimi poświęca się dużo uwagi. Rozwój grzybów chorobotwórczych prowadzi do zmniejszenia wysokości plonu oraz spadku jego walorów użytkowych. W sytuacjach skrajnych porażenie dyskwalifikuje całość zbioru, np. z uwagi na obecność toksycznych dla ludzi i zwierząt związków chemicznych, jak w przypadku sporyszu zbóż. Patogeniczne grzyby atakują rośliny okopowe (np. chwościk buraka cukrowego), przemysłowe (fuzarioza lnu) i zbożowe (rdza źdźbłowa), nie oszczędzają również plantacji ogrodniczych (antraknoza truskawki czy szara pleśń kapustnych). Skuteczna ochrona upraw to podstawowy warunek uzyskania z nich satysfakcjonującego dochodu.
Pierwszym sposobem ochrony roślin przed chorobami grzybowymi, który przychodzi nam na myśl, jest metoda chemiczna. Rzeczywiście, jej skuteczność trudno kwestionować. Od momentu wprowadzenia oprysków chemicznych udało się znacznie ograniczyć częstotliwość występowania wielu pospolitych dawniej chorób. Wachlarz substancji aktywnych dopuszczonych do obrotu jest szeroki, a wybór należy do rolnika. Zawsze należy jednak pamiętać o przestrzeganiu dawek i terminów stosowania środków chemicznych – ma to znaczenie zarówno dla powodzenia zabiegu, jak i środowiska naturalnego.
Metoda chemiczna nie jest jednak jedyną, na której powinniśmy polegać. W integrowanej uprawie roślin stawia się na łączenie różnorodnych metod, zaś działania przyjaźniejsze środowisku mają pierwszeństwo przed opryskami chemicznymi. Prawidłowa walka z chorobami grzybowymi to zaplanowany ciąg wielu zabiegów. Metody niechemiczne zyskują na znaczeniu szczególnie w rolnictwie ekologicznym, w którym opryski chemiczne w większości są zakazane, zaś stosowanie niektórych (np. Miedzianu w sadach owocowych) możliwe jest pod surowymi obostrzeniami.
Na część czynników sprzyjających rozwojowi grzybów chorobotwórczych nie mamy wpływu – nic nie poradzimy na nadmierną wilgotność czy niekorzystny przebieg temperatury. Możemy jednak zastosować dobór odmian odpornych na poszczególne choroby. Praca hodowlana wciąż trwa, produkuje się odmiany roślin lepiej plonujące, dostosowane do niesprzyjającego klimatu. Ważnym z punktu widzenia hodowli elementem jest uzyskanie przez rośliny cech odporności na patogeny i szkodniki. Dlatego też należy być na bieżąco z najnowszymi osiągnięciami i korzystać z postępu.
Ogromne znaczenie w ochronie roślin ma prawidłowo rozplanowany płodozmian. Poza nielicznymi wyjątkami, rośliny uprawne źle znoszą monokulturę, czyli uprawę na jednym terenie przez kilka lat tego samego gatunku (czy tej samej grupy roślin – np. zbóż). Dochodzi wówczas do nagromadzenia wyspecjalizowanych względem danego gatunku patogenów i zwiększa się prawdopodobieństwo porażenia plantacji przez choroby. Na tym samym polu należy zatem wprowadzać następstwo roślin należących do różnych rodzin botanicznych. Dla przykładu - buraki cukrowe powinniśmy wysiewać co cztery lata, ich następstwo można przełamać pszenicą, rzepakiem, bobikiem.
Choć niewątpliwie posiada swoje wady, staranna orka jest naszym sprzymierzeńcem w zwalczaniu chorób roślin. Patogeny w postaci form przetrwalnikowych zimują na resztkach pożniwnych, by zaatakować ponownie w następnym sezonie. Niektóre patogeniczne grzyby posiadają też zdolność do odżywiania się martwą materią organiczną w przypadku, gdy pasożytniczy tryb życia nie jest możliwy. Przykrycie resztek roślinnych warstwą gleby ogranicza grzybom możliwości rozwoju. Jest to szczególnie ważne w uprawie kukurydzy.
Istotnym zabiegiem jest walka z chwastami. Ich niektóre gatunki – na przykład psianka czarna w pobliżu uprawy ziemniaków – stanowią rezerwuar chorób. Inne są dla grzybów żywicielem pośrednim, bez którego nie jest możliwe zamknięcie cyklu rozwojowego patogenu (np. berberys dla rdzy źdźbłowej).
Podstawą jest również wysiew czystego materiału siewnego, pochodzącego z pewnego źródła, wolnego od patogenów. Dzięki mechanicznej metodzie czyszczenia ziarna ze sporyszu, w łatwy sposób ograniczono występowanie buławinki czerwonej.